ATLAS Biolabs - Bioinformatik

FASTQ-Rohdaten | BAM- Dateien | De-Novo-Assemblies (FASTA)

Rohdaten im FASTQ-Format pro Probe, demultiplexed und vorgefiltert. Dateien im BAM-Format: Mapping der Reads auf verfügbare Referenzgenome oder -transkriptome. Binary-Alignment-Map (BAM). De-Novo-Assembly im FASTA-Format: Bei Nichtverfügbarkeit einer Referenz erstellen wir ein Assembly aus Ihren Sequenzdaten als Referenz für Ihr Genom oder Transkriptom. Ein Assembly besteht aus sogenannten Contigs, die wir bei entsprechender Verfügbarkeit auch über ähnliche Genome annotieren können.

DNA-seq | RNA-seq | ChIP-seq

Aufgrund der unterschiedlichen Analysemöglichkeiten von DNA und RNA unterscheidet sich auch der Lieferumfang der Daten. Die einzelnen Analyseschritte erfolgen in enger Abstimmung mit Ihnen, wobei Besonderheiten berücksichtigt werden, z.B. das präanalytische Filtern von Xenograft-Material.

Genomanalysen, DNA-seq: Whole-Genome-Sequencing oder Whole-Exome-Sequencing: Die Analyse von strukturellen Varianten, SNPs, kleineren Insertionen, Deletionen und Copy-Number-Variationen (CNV). Die Ergebnisse werden als VCF (variant call format) und als umfangreich annotierte Tabellen bereitgestellt.

Transkriptomanalysen, RNA-seq: Die Analyse differentiell exprimierter Gene bzw. Transkripte ermöglicht das Auffinden neuer Spleißvarianten und Isoformen. Bereitgestellt werden Statistiken und Listen mit entsprechenden Read-Zahlen. Möglich ist auch die Analyse von strukturellen Varianten, SNPs, kleineren Insertionen und Deletionen. Als weiteren Service bieten wir die Erstellung von Listen mit detektierten Gene-Fusion-Events.

Epigenetische Analyse, ChIP-seq: Identifikation und Annotation signifikanter Peaks zur Bestimmung von Protein-DNA-Interaktionen, wie z.B. Bindungsstellen von Transkriptionsfaktoren, Analyse von Histonmodifikationen und Sequenzmotiven.