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Genetische Faktoren beim Verlauf einer Infektion mit SARS-CoV-2: Epidemiologische Untersuchung zu Peptid-Signaturen, Immunität, genetischer Prädisposition sowie Veränderungen des SARS-CoV-2 (EPI-Dx)
Harmlos, ernst oder sogar tödlich: Welche Rolle spielen genetische Faktoren beim Verlauf einer Infektion mit SARS-CoV-2? Dieser bislang ungeklärten Frage geht die EPI-Dx-Studie von ATLAS Biolabs, in.vent Diagnostica und MicroDiscovery nach.
Die Idee zu der Studie ist im DiagnostikNet|BB (Netzwerk Diagnostik Berlin-Brandenburg e.V.) entstanden, wo sich die Unternehmen regelmäßig zu lebenswissenschaftlichen Themen austauschen. Das Vorhaben wird vom Bundesministerium für Bildung und Forschung gefördert, Fkz.: 03COV21. Koordinator der Studie ist Dr. Karsten R. Heidtke, Leiter der Bioinformatik- und Forschungsabteilung bei ATLAS Biolabs.
Untersucht werden diverse klinische und molekulargenetische Parameter von 500 Probanden. Ein Augenmerk liegt auf den Membranproteinen ACE2 und TMPRSS2. Sie spielen nach bisherigen Erkenntnissen eine wesentliche Rolle beim Eintritt des Virus in die Wirtzelle. Der genetische Bauplan variiert von Mensch zu Mensch. Die Folge sind unterschiedliche phänotypische Ausprägungen, die individuell zu blanden oder schweren Krankheitsverläufen führen können. Berücksichtigt werden auch die Mutationen des SARS-CoV-2-Virus. Aus den Ergebnissen der Laboruntersuchungen und ihrer bioinformatischen Auswertung soll ein diagnostisches Panel entwickelt werden: Damit lässt sich zum einen evidenzbasiert das Erkrankungsrisiko prognostizieren, zum anderen der Verlauf einer COVID-19-Erkrankung.
Der Einsatz hochleistungsfähiger Sequenzier- und Microarray-Technologie ermöglicht eine kurzfristige Skalierung des Verfahrens sowie ein promptes Screening neuer SARS-CoV-2-Varianten – einschließlich deren Auswirkungen auf den klinischen Verlauf einer Infektion. Das bessere Verständnis individueller Merkmale führt zum besseren Verständnis der epidemiologischen Entwicklung. Darüber hinaus kann es vielversprechende Ansätze für die personalisierte Medizin und damit eine individuell ausgerichtete Patientenversorgung liefern.
Dank ihrer langjährigen Expertise sind die Projektpartner ATLAS Biolabs, in.vent Diagnostica und MicroDiscovery zuversichtlich, Know-how und Leistungsfähigkeit mittelständischer Biotech-Unternehmen aus der Region Berlin-Brandenburg auch bei der Bekämpfung der SARS-Cov-2-Pandemie unter Beweis stellen zu können.
Expressionsanalysen nicht nur auf Gen-Ebene
95% der menschlichen Gene werden alternativ gespleißt. Deshalb ist es wichtig, den Umfang der Expressionsanalysen über die Informationen auf Genebene hinaus zu erweitern. ATLAS Biolabs bietet mit dem Clariom D von ThermoFisher/Affymetrix eine einfache Möglichkeit, das Expressionsniveau einzelner Exons zu messen. Das erlaubt es, alle alternativ gespleißten Transkript-Isoformen nachzuweisen, sogar für schwach exprimierte Gene.
Möchten Sie mehr darüber erfahren? Nehmen Sie mit uns Kontakt auf.
16S Mikrobiom Aktion
Die Analyse des Mikrobioms ist derzeit in aller Munde. Sie wollen Mikrobiota von Böden oder Aquakulturen untersuchen oder beabsichtigen, das Mikrobiom von Menschen, Nutz- und Haustieren, Pflanzen oder anderen Wirtsorganismen zu analysieren? Wir unterstützen Sie gerne als Ihr zuverlässiger Partner unseren NGS-Technologien.
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Jahrestagung der AGD 2019 in Potsdam
Thema: Künstliche Intelligenz trifft Genomik
Die Künstliche Intelligenz (KI) verändert die heutige Welt. Deep-Learning verbessert bereits heute die Diagnostik durch automatisierte Bildinterpretation in medizinischen Fachbereichen wie Dermatologie, Radiologie und Pathologie. Die Erfolge der letzten Monate zeigten Fortschritte an großen medizinischen Datensätzen großer Konsortien oder nutzten intelligente Wege des Wissenstransfers, um mit der Herausforderung spärlicher Daten bei seltenen Erkrankungen umzugehen. Wir möchten daher mit Ihnen diskutieren, welche vortrainierten Netzwerke für bestimmte medizinische Fragen geeignet sein könnten und wie eine Erhöhung der Vielfalt der Trainingsdaten die Leistung verbessern kann. In dieser Tagung werden wir eine Auswahl von spannenden Anwendungen einer Technologie zur Bestimmung von Phänotypen der nächsten Generation vorstellen, deren Ergebnisse auch für die Interpretation genetischer Varianten genutzt werden können. Darüber hinaus werden wir die Möglichkeiten des Deep-Learnings über genomische Daten untersuchen und diskutieren, wie andere Bereiche der Biowissenschaften die neuen KI-basierten Ansätze nutzen.
Nutzen Sie die Gelegenheit, Kollegen von ATLAS Biolabs auf dieser spannenden Konferenz zu treffen.
